Heidegger bydel ve Freiburgu nejprve v bytě a potom v domě postaveném v r. 1928. Dům se nachází v ulici Rötebuckweg ve Freiburgu-Zähringenu. Jeho oblíbeným místem pobývání však byla horská chata v Todtnaubergu, postavená v r. 1922 dle návrhu Heideggerovy manželky Elfride, kde nebyla ani tekoucí voda, ani elektřina. U chaty je malá studně. Teprve v r. 1933 univerzita nabídla Heideggerovi, že mu zaplatí zavedení elektřiny.
(Pozn.: Když jsem před lety tato pro filozofii památná místa navštívil, museli jsme s přítelem Jiřím K. chatu dosti dlouho hledat. Chata, kterou vlastní Heideggerovi potomci, je jistě známa příznivcům Heideggera, ale není přístupná veřejnosti, takže se z ní ještě nestalo poutní místo či turistické muzeum.)
Třetí část Ottovy knihy
Tato část, nazvaná „Nezdar rektorství“, pojednává o Heideggerově akademické činnosti, zejména v době „tisícileté“ Třetí říše (Drittes Reich), která ve skutečnosti trvala 12 let. 30. ledna 1933 se stal kancléřem Německa Adolf Hitler. 21. dubna 1933 byl Heidegger zvolen rektorem freiburské univerzity. Prvního května, což byl v nacistickém Německu státní svátek, „Den národní práce“, vstoupil Heidegger ostentativně do NSDAP.
Dle vlastního prohlášení sepsaného v r. 1945 pro denacifikační komisi freiburské univerzity, kterou instalovala francouzská okupační vláda v jihozápadním Německu, Heidegger považoval nacistický režim za hnutí, které by mohlo obnovit německý duchovní život na nacionálně-etnickém základě, odstranit společenské rozdíly a zachránit západní kulturu před komunismem. Heidegger věřil v dějinné poslání Hitlera, o kterém se domíval, že bude schopen uskutečnit duchovní a intelektuální transformaci Německa.
Ale již o rok později, 23. dubna 1934, Heidegger se vzdal své akademické funkce. Jak došlo ke zvolení Heideggera rektorem a k jeho rezignaci o deset měsíců později je „vysvětleno“ v Heideggerově interview pro časopis Der Spiegel z r. 1966, které bylo zveřejněno až po Heideggerově smrti v r. 1976. Jeho úvodní rektorská adresa z r. 1933 byla shledána nekompatibilní s linií strany a její text byl později nacisty zakázán. Ještě v r. 1936 ve svých přednáškách o Schellingovi Heidegger chválil Hitlera, ale tato pasáž byla vyňata z písemného zápisu přednášek v r. 1971.
Historik Ott dokládá rozdíly mezi Heideggerovou verzí jeho rektorství a informacemi dostupnými z jiných dějinných pramenů. Např. předchozí rektor von Möllendorff nebyl donucen rezignovat dík rozhodnutí nacistického ministra školství, jak tvrdil Heidegger, ale rezignoval dobrovolně, neb nechtěl být spojen s novým programem Gleichschaltungu (usměrnění v duchu nacistické uniformity) a s diskriminačními opatřeními vůči židovským akademikům. Jak píše Ott, Heideggera ke kandidatuře na funkci rektora nebylo třeba přemlouvat. A Heidegger byl navržen na funkci rektora skupinkou akademiků s členstvím v NSDAP, což sám Heidegger nikde neuvádí. Heidegger byl zvolen rektorem téměř jednohlasně, i když někteří univerzitnií profesoři byli nepřítomni. Též nemohli hlasovat profesoři „nearijského“ původů (13 z celkového počtu 93 akademiků), a to dle dekretu badenského Gauleitera a říšského komisaře Roberta Wagnera. Tento dekret se týkal všech univerzit v Badensku a zakazoval „nearijským“ profesorům univerzitní činnost s okamžitou platností.
Führer-rektor Heidegger představil svůj transformační program v rektorské přednášce z 27. května 1933, která se jmenovala „Sebeurčení německé univerzity“ (Die Selbstbehauptung der Universität). Heideggerova rektorská přednáška byla výzvou do zbraně, apelem na intelektuály a rázným zařazením univerzitních studentů do revoluční doby. Nová orientace studentů měla proběhnout dle propagovaného Führer-principu, pod vedením těch, kteří představují vůli k dějinnému duchovnímu a intelektuálnímu poslání německého národa. Nový rektor identifikoval tři druhy služby v novém období: pracovní službu, vojenskou službu a službu vědecké znalosti. V přednášce byla použita abstraktní terminologie Heideggerovy filozofie. Přednáška se dále hemžila vojenskými a polovojenskými výrazy, m.j.: „nebezpečí, nouze, hodina potřeby, síla, moc, disciplína, elita, poslední zákop, nelítostná jasnost“. Detailní program přednášky byl sice často debatován, ale samotný program byl odsouzen k nezdaru.
Dle Ottova názoru Heidegger v době své krátké rektorské činnosti ztratil kontakt s realitou, která ho neustále konfrontovala a kterou se zpočátku snažil ignorovat. Zanedlouho si však začal uvědomovat, že vůdcovství univerzitního hnutí nespočívá v osobě rektora, ale v hierarchii studentské organizce SA a funkcionářů NSDAP.
Heidegger přestal být činný v NSDAP a jeho členství v nacistické straně se (dle něho) stalo pouhou formalitou. Prý byl dokonce nějaký čas pod dozorem bezpečnostní služby SD (Sicherheitsdienst). Během válečných let Heidegger pilně přednášel v letních a zimních semestrech a psal texty.
Konečná potupa filozofa v nuzném čase přišla 8. listopadu 1944, kdy byl shledán novým rektorem, v souladu se směrnicemi nacistických oblastních a župních velitelů, nejvíce “postradatelným“ členem fakulty a byl poslán k domobraně (Volkssturm) kopat zákopy podél břehů Rýna v oblasti Kaiserstuhlu. Výraz nuzný čas (dürftige Zeit) pochází z básně Hölderlina. Heideggerüv žák Karl Löwith nazval svojí knihu vzpomínek z r. 1953: „Heidegger – filozof pro nuzný čas“. Ve zmíněném interview pro Der Spiegel si Heidegger stěžoval, že nebyl zbaven vojenské služby, na rozdíl od 500 eminentních vědců a umělců, kteří byli zproštěni povinnosti jakékoliv vojenské služby. Prý byl nejstarší člen fakulty, který byl odveden k Volkssturm.
Po porážce Německa v r. 1945 bylo Heideggerovi zakázáno francouzským okupačním vojenským velitelstvím vyučovat a v r. 1946 byl odvolán ze svého místa profesora filozofie pro údajné sympatie k nacismu. Tento zákaz byl zrušen v r. 1949. V r. 1946 se Heidegger nervově zhroutil, musel být tři týdny hospitalizován a poté se vrátil do Todtnaubergu.
Zbývá ještě pojednat o vztahu mezi Husserlem a Heideggerem během nacistického režimu, o kterém dle Otta existuje množství názorů, pověstí a dohadů. Začněme s Heideggerovými tvrzeními. Na podzim r. 1945 Heidegger, v prohlášení předsedovi denacifikační komise, ostře dementoval, že coby rektor zakázal Husserlovi přístup na univerzitu a do univerzitní knihovny. Dle tohoto prohlášení Heidegger k Husserlovi vždy shlížel s úctou a vděčností, jako na svého učitele a rádce.
Vztahy mezi nimi ochladly již dříve, poté, co Husserl kritizoval Heideggera ve svém projevu v Berlínském Sportpalastu v r. 1931. Vlastními slovy Husserla: “Poté, co (Heidegger) se stal profesorem (v r. 1928), naše pravidelné kontakty trvaly asi dva měsíce a poté vše poklidně skončilo. Držel se stranou, vyhýbal se jakékoli příležitosti k filozofickým diskusím, které zjevně považoval za zbytečné, nevítané a zneklidňující. Vídám ho jednou za několik měsíců, méně častěji než mé ostatní spolupracovníky.”
Ott, na základě jiných dokumentů, uvádí, že společenské styky mezi Husserlovými a Heideggerovými byly přerušeny od r. 1930. Když byly vydány v r. 1933 prvé protižidovské zákony, Heideggerova manželka poslala květiny pí. Husserlové spolu s formálně neosobním dopisem, který vyjadřoval úctu a vděčnost manželů Heideggerových k manželům Husserlovým. Husserlovi byli tímto dopisem i květinami hluboce uraženi. Malvine Husserlová na dopis Elfride Heideggerové odpověděla a tato odpověď, dle Heideggera, představovala konec jejich dlouholetého přátelství, který byl navíc zpečetěn Heideggerovým veřejným a velmi teatrálním vstupem do NSDAP 1. května 1933.
V novém vydání Heideggerova spisu Sein und Zeit muselo být odstraněno věnování Husserlovi na příkaz nacistického vydavatele. Ale podrobnější věnování Husserlovi (v délce krátkého odstavce) na str. 38 bylo na přání Heideggera zachováno. Tvrzení, že Heidegger zakázal Husserlovi přístup na univerzitu a do univerzitní knihovny je dle Otta vskutku nepravdivé. Heidegger však napsal blahopřejný telegram Gauleiterovi a Reichkommissar/Reichsstathalter Wagnerovi, když tento byl jmenován do funkce. A byl to právě Gauleiter Wagner, který zavedl v Badensku diskriminační nařízení proti Židům.
Husserl odešel do penze a stal se emeritním profesorem freiburské univerzity v létě r. 1928. 6. dubna 1933 byl Husserl suspendován z freiburské univerzity dekretem č. A. 7642 Badenského ministerstva kultury, ale 28. dubna 1933 byl předchozí dekret zrušen a Husserl byl znovupřijat na univerzitu novým dekretem č. A. 8500. Toto znovupřijetí netrvalo dlouho, neb 13. září 1935 byl na „Říšském stranickém dni svobody“ (Reichsparteitag der Freiheit) v Norimberku přijat „Říšský zákon občanství“. Koncem roku 1935 bylo Husserlovi, na základě Norimberského rasového zákona, opět odňato právo vyučovat na freiburské univerzitě; v legálním žargonu doby „byl zproštěn svých oficiálních funkcí“. Od letního semestru r. 1936 univerzita neuváděla Husserlovo jméno v seznamu přednášejících profesorů. Univerzita nevzpomenula ani Husserlova úmrtí v dubnu 1938. Když 27. 4. 1938 Husserl zemřel, Heidegger, dle vlastní výpovědi, se nemohl dostavit na pohřeb neb byl nemocí upoután na lůžko. Ott k tomu dodává: „Lidské ztroskotání, které (Heidegger) projevil během dlouhých let Husserlovy vlekoucí se nemoci a v době jeho úmrtí a pohřbu, je dostatečně výmluvné, a nic toto ztroskotání nemůže omluvit“.